Компьютерное представление химической информации

Читать фрагмент

книга

Компьютерное представление химической информации

В учебном пособии рассмотрены основные типы представления органических молекул в компьютерном виде: линейные нотации WLN, ROSDAL, SMILES, SLN, InChI и табличные представления — Z-матрицы, MOL-, SDF- и RDF-форматы. Системное изложение материала позволит студентам самостоятельно подготовиться к занятиям и сдаче зачетов и экзаменов.Для студентов бакалавриата, осваивающих дисциплины «Основы квантовой химии и хемоинформатики», «Компьютерные информационные системы в биотехнологии» и «Компьютерное моделирование состава продуктов питания», а также для студентов магистратуры, аспирантов и научных работников.

Форматы: PDF

Издательство: Издательство Уральского университета

Год: 2020

Место издания: Екатеринбург

ISBN: 978-5-7996-3018-8

Страниц: 147

Артикул: 101103

Электронная книга

221 ₽

Купить и скачать

Содержание

Содержание книги "Компьютерное представление химической информации "

Предисловие

Введение

1. ПРЕДСТАВЛЕНИЕ ИНФОРМАЦИИ В КОМПЬЮТЕРНОМ ВИДЕ

1.1. Единицы измерения информации

1.2. Информационно-поисковые языки

1.3. Представление органических молекул в компьютерном виде

2. ЛИНЕЙНЫЕ НОТАЦИИ

2.1. Линейная нотация Висвессера (WLN)

2.2. Представление органических структур в формате ROSDAL

2.3. Cпецификация упрощенного представления молекул в строке ввода (SMILES)

2.4. Линейная нотация сибил (SLN)

3. ТАБЛИЧНЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ

3.1. Представление 3D-структур

3.2. Продолжающиеся таблицы (таблицы соединений)

3.3. Мол-файл (Mol-fi le)

3.4. Pdb-файлы (база данных по белкам)

3.5. Z-матрица

3.6. Теория графов (диаграммы графов)

3.6.1. Матрица смежности

3.6.2. Матрица расстояний

3.6.3. Матрица понижения

3.6.4. Матрица связей

3.6.5. Матрица «связь — электрон» (BE-матрица)

3.7. Представление матрицы химических реакций

3.7.1. SD-файлы

3.7.2. RXN-файлы (реакционные файлы)

3.7.3. RD-файлы (файлы «реакция — данные»)

3.7.4. CML (химический язык разметки)

4. НУМЕРАЦИЯ АТОМОВ

4.1. Алгоритм Моргана

4.2. CANGEN-алгоритм

5. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ХИМИЧЕСКИЙ ИДЕНТИФИКАТОР (InChI)

5.1. Правила InChI

5.1.1. Нумерация атомов (Color List)

5.1.2. Записи основных слоев

5.2. Inchikey — ключ для поиска структуры

ЗАДАЧИ ДЛЯ САМОСТОЯТЕЛЬНОЙ РАБОТЫ

БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК

Отрывок из книги

25Разберем пример кодирования в системе WLN. Первый шаг, после того как записана структурная формула, это поиск функци-ональных групп и запись их в виде графической формулы. Второй шаг — выбор направления записи по правилу «старшинства» (группы располагаем по алфавиту и старшинству — обратный алфавит и бóльшая цифра). Для молекулы гидроксиацетилхлорида получилась следующая запись в формате WLN:При наличии разветвлений в молекуле, после обозначения атома с несколькими связями, например, N, X, K или Y, запись продолжа-ют по правилам старшинства. Конец разветвления обозначают «&» или «/», в случае если ответвление оканчивается на терминальную группу, например, Q, H, G, I, F, NW, знак окончания можно опу-стить и после этого вернуться к началу разветвления и записать следующую цепочку. Необходимо помнить, что знаки X и К имеют по два окончания & (/), знаки Y и N имеют по одному — & (/). Если в цепочке есть еще разветвления, то после окончания цепочки воз-вращаются к ближайшему.Пример для 1-бром-2-хлорпропанола:Примеры для тетрафторметана, тетраметиламмония, хлорофор-ма и триэтиламина:Структурная формулаГрафическаяформулаНаправление записиЗапись в WLN

Внимание!
При обнаружении неточностей или ошибок в описании книги "Компьютерное представление химической информации (автор Юлия Нейн, Мария Иванцова)", просим Вас отправить сообщение на почту help@directmedia.ru. Благодарим!

Компьютерное представление химической информации

Содержание

Отрывок из книги

другие книги автора

С книгой "Компьютерное представление химической информации" читают