Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул
Рассматриваются различные аспекты применения современных методов компьютерного моделирования в химии и вопросы представления химической информации в цифровой форме; экспериментальные подходы, применяемые для получения сведений о пространственной структуре молекул; способы оптимизации геометрии и конформационного анализа молекул; методы компьютерного моделирования белков, а также технологии, используемые при проведении масштабных скрининговых исследований in silico.Книга предназначена для широкого круга студентов, аспирантов, научных сотрудников, интересующихся применением компьютерного моделирования для анализа свойств молекул.
Содержание
Содержание книги "Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул "
Отрывок из книги
32Рис. 1.15. Примеры визуализации молекулы при помощи java-апплета JSmolСреди программ, используемых при проведении компьютерных экспе-риментов в химии, следует отметить бесплатный просмотрщик молекул Jmol (и его аналог JSmol, применяемый при доступе к записям в базах дан-ных через браузер), а также редактор структур JME (и его аналог JSME).Jmol представляет собой программу с открытым исходным кодом, на-писанную с использованием языка программирования java (рис. 1.15). Чаще всего данный инструмент применяется в виде java-апплета, встроенного в веб-страницу. Особенностью Jmol является то, что это кроссплатформен-ное приложение, следовательно, может с одинаковым успехом использо-ваться на устройствах под управлением различных операционных систем.Jmol поддерживает наиболее часто используемые форматы представле-ния химической информации (mol, mol2, pdb, sdf и др.), а также форматы представления данных широко распространенных программ для компью-терного моделирования (MOPAC, Amber, GAMESS, Gaussian и т. д.). Дан-ная программа позволяет различным способом отображать молекулы на экране: в виде шаростержневой модели, модели Драйдинга, полусфериче-ской модели, с отображением элементов вторичной структуры белка. При помощи Jmol можно визуализировать молекулярные поверхности, а также анимировать исследуемую молекулу: задавать вращение, изменение мас-штаба. Функционал приложения, кроме того, позволяет пользователю про-водить измерения геометрических параметров соединения (длины связей, величины валентных и торсионных углов). Результаты исследования можно сохранять в виде изображений различных форматов.JME представляет собой простой редактор структур молекул (рис. 1.16). В настоящее время разрабатывает-ся и используется в основном его аналог JSME, напи-санный с использованием языка java-script. JSME имеет
Внимание!
При обнаружении неточностей или ошибок в описании книги "Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул (автор Ярослав Диченко)", просим Вас отправить сообщение на почту help@directmedia.ru. Благодарим!
и мы свяжемся с вами в течение 15 минут
за оставленную заявку