Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул
Рассматриваются различные аспекты применения современных методов компьютерного моделирования в химии и вопросы представления химической информации в цифровой форме; экспериментальные подходы, применяемые для получения сведений о пространственной структуре молекул; способы оптимизации геометрии и конформационного анализа молекул; методы компьютерного моделирования белков, а также технологии, используемые при проведении масштабных скрининговых исследований in silico.Книга предназначена для широкого круга студентов, аспирантов, научных сотрудников, интересующихся применением компьютерного моделирования для анализа свойств молекул.
ISBN: 978-985-08-2970-2
Страниц: 139
Артикул: 104013
Содержание
Содержание книги "Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул "
Отрывок из книги
32Рис. 1.15. Примеры визуализации молекулы при помощи java-апплета JSmolСреди программ, используемых при проведении компьютерных экспе-риментов в химии, следует отметить бесплатный просмотрщик молекул Jmol (и его аналог JSmol, применяемый при доступе к записям в базах дан-ных через браузер), а также редактор структур JME (и его аналог JSME).Jmol представляет собой программу с открытым исходным кодом, на-писанную с использованием языка программирования java (рис. 1.15). Чаще всего данный инструмент применяется в виде java-апплета, встроенного в веб-страницу. Особенностью Jmol является то, что это кроссплатформен-ное приложение, следовательно, может с одинаковым успехом использо-ваться на устройствах под управлением различных операционных систем.Jmol поддерживает наиболее часто используемые форматы представле-ния химической информации (mol, mol2, pdb, sdf и др.), а также форматы представления данных широко распространенных программ для компью-терного моделирования (MOPAC, Amber, GAMESS, Gaussian и т. д.). Дан-ная программа позволяет различным способом отображать молекулы на экране: в виде шаростержневой модели, модели Драйдинга, полусфериче-ской модели, с отображением элементов вторичной структуры белка. При помощи Jmol можно визуализировать молекулярные поверхности, а также анимировать исследуемую молекулу: задавать вращение, изменение мас-штаба. Функционал приложения, кроме того, позволяет пользователю про-водить измерения геометрических параметров соединения (длины связей, величины валентных и торсионных углов). Результаты исследования можно сохранять в виде изображений различных форматов.JME представляет собой простой редактор структур молекул (рис. 1.16). В настоящее время разрабатывает-ся и используется в основном его аналог JSME, напи-санный с использованием языка java-script. JSME имеет
Внимание!
При обнаружении неточностей или ошибок в описании книги "Компьютерное моделирование строения и реакционной способности молекул (автор Ярослав Диченко)", просим Вас отправить сообщение на почту help@directmedia.ru. Благодарим!
и мы свяжемся с вами в течение 15 минут
за оставленную заявку