Компьютерное представление химической информации

Содержание книги "Компьютерное представление химической информации"

Предисловие
Введение
1. ПРЕДСТАВЛЕНИЕ ИНФОРМАЦИИ В КОМПЬЮТЕРНОМ ВИДЕ
1.1. Единицы измерения информации
1.2. Информационно-поисковые языки
1.3. Представление органических молекул в компьютерном виде
2. ЛИНЕЙНЫЕ НОТАЦИИ
2.1. Линейная нотация Висвессера (WLN)
2.2. Представление органических структур в формате ROSDAL
2.3. Cпецификация упрощенного представления молекул в строке ввода (SMILES)
2.4. Линейная нотация сибил (SLN)
3. ТАБЛИЧНЫЕ ПРЕДСТАВЛЕНИЯ
3.1. Представление 3D-структур
3.2. Продолжающиеся таблицы (таблицы соединений)
3.3. Мол-файл (Mol-fi le)
3.4. Pdb-файлы (база данных по белкам)
3.5. Z-матрица
3.6. Теория графов (диаграммы графов)
3.6.1. Матрица смежности
3.6.2. Матрица расстояний
3.6.3. Матрица понижения
3.6.4. Матрица связей
3.6.5. Матрица «связь — электрон» (BE-матрица)
3.7. Представление матрицы химических реакций
3.7.1. SD-файлы
3.7.2. RXN-файлы (реакционные файлы)
3.7.3. RD-файлы (файлы «реакция — данные»)
3.7.4. CML (химический язык разметки)
4. НУМЕРАЦИЯ АТОМОВ
4.1. Алгоритм Моргана
4.2. CANGEN-алгоритм
5. МЕЖДУНАРОДНЫЙ ХИМИЧЕСКИЙ ИДЕНТИФИКАТОР (InChI)
5.1. Правила InChI
5.1.1. Нумерация атомов (Color List)
5.1.2. Записи основных слоев
5.2. Inchikey — ключ для поиска структуры
ЗАДАЧИ ДЛЯ САМОСТОЯТЕЛЬНОЙ РАБОТЫ
БИБЛИОГРАФИЧЕСКИЙ СПИСОК